重點實驗室是國家環保科技創新體系的重要組成部分，是組織環境領域基礎研究和應用基礎研究、聚集和培養優秀環保科技人才、開展學術交流、促進學科發展的重要基地，是開展環保科技國際合作的重要平臺。
2012年12月11日，環境保護部下發《關于加強國家環境保護重點實驗室建設的指導意見》，根據該指導意見，到2015年，在涉及當前和今后 一段時期國家環保工作的重點領域和學科方向，新建成10個左右重點實驗室，到2020年，再建成10個左右重點實驗室，基本建成與國家環境保護管理決策科 技需求相適應的重點實驗室體系。重點領域與方向：水污染防治領域；河流環境模擬與污染控制、地下水環境模擬與污染控制、農村面源污染控制等方向；大氣污染 防治領域；固體廢物污染防治與化學品管理領域；生態保護和建設領域；土壤污染防治領域；環境與健康領域；環境監管技術領域；核與輻射安全領域；全球環境問 題研究領域以及環保功能材料研究、重金屬污染防治等方向。
根據環保部網站20號信息，截至目前已經通過驗收并命名的重點實驗室有19個，批準建設的重點實驗室11個。其中，2013年2月16日，又一 重點實驗室——以清華大學為依托單位的國家環境保護大氣復合污染來源與控制重點實驗室通過環保部批復，該實驗室建設期兩年，面向我國環境保護戰略需求，圍 繞大氣復合污染源排放表征理論與技術方法、大氣復合污染多維溯源理論與技術方法、大氣復合污染控制和空氣質量管理科技支撐平臺等方向，開展大氣復合污染來 源與控制領域的前瞻性和應用性研究，培養一批優秀的創新型骨干人才和領軍人才，努力建設產學研聯盟，建成國際一流水平的重點實驗室和開放性交流服務平臺， 為區域大氣污染聯防聯控提供技術支撐和決策支持。
另據環保部信息，截止2012年10月12日，已經有14個工程技術中心通過驗收并命名，16個工程技術中心批準建設。
國家環境保護重點實驗室名單
一、通過驗收并命名的重點實驗室：
二、批準建設的重點實驗室：
國家環境保護工程技術中心名單
一、通過驗收并命名的工程技術中心：
二、批準建設的工程技術中心：